Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea)
Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)
2022
Autori:
Simonović, AnaFilipović, Biljana
Banjanac, Tijana
Kojić, Milan
Ćuković, Katarina
Subotić, Angelina
Ostala autorstva
Živić, MiroslavPetković, Branka
Tip dokumenta:
Konferencijski prilog (Objavljena verzija)
,
© 2022 by the Serbian Biological Society
Metapodaci
Prikaz svih podataka o dokumentuApstrakt:
Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored sekvenciranih transkriptoma je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) modifikovani CTAB protokol; (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora. Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom, običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom. Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4).
Finansiranje / projekti:
- Ministarstvo nauke, tehnološkog razvoja i inovacija Republike Srbije, institucionalno finansiranje - 200007 (Univerzitet u Beogradu, Institut za biološka istraživanja 'Siniša Stanković') (RS-MESTD-inst-2020-200007)
U:
- Živić M, Petković B, editors. Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije: Osnovna i primenjena istraživanja: Metodika nastave; 2022 Sep 21-25; Zlatibor, Serbia. Belgrade: Serbian Biological Society; 2022. p. 295.