@conference{
author = "Simonović, Ana and Filipović, Biljana and Banjanac, Tijana and Kojić, Milan and Ćuković, Katarina and Subotić, Angelina",
year = "2022",
abstract = "Biljka kičica (Centaurium erythraea) je interesantna ne samo zbog svojih lekovitih svojstava, već i zbog izuzetne razvojne plastičnosti i regenerative sposobnosti u in vitro kulturi. Kako bi identifikovali gene uključene u morfogenetske procese, sekundarni metabolizam i odgovore na stres, pored sekvenciranih transkriptoma je potreban i sekvenciran genom. Za sekvenciranje genoma najmodernijom PacBio tehnologijom, neophodna je veoma čista visokomolekularna DNK, čijih 90% čine lanci > 20 kb. DNK je izolovana iz mladih listova diploidnog varijeteta kičice gajene in vitro, korišćenjem četiri različita protokola: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060); (2) modifikovani CTAB protokol; (3) protokol za izolaciju bakterijske DNK prilagođen biljnim tkivima i (4) izmenjen protokol za izolaciju RNK iz bora. Kvalitet DNK izolata je proveravan spektrofotometrijski Nano Drop aparatom, običnom elektroforezom, pulsnom elektroforezom i Femto Pulsnom analizom. Protokol (1) daje veoma niske prinose, bilo kad se koristi samostalno ili kao vid prečišćavanja DNK izolovane na drugi način. Protokolom (3) se dobija visok prinos DNK nezadovoljavajućeg kvaliteta. Najkvalitetniju DNK u količinama dovoljnim za sekvenciranje su dali protokoli (2) i (4)., Биљка кичица (Centaurium erythraea) је интересантна не само због својих
лековитих својстава, већ и због изузетне развојне пластичности и регенеративе
способности у in vitro култури. Како би идентификовали гене укључене у
морфогенетске процесе, секундарни метаболизам и одговоре на стрес, поред
секвенцираних транскриптома1 је потребан и секвенциран геном. За секвенцирање
генома најмодернијом PacBio технологијом, неопходна је веома чиста
високомолекуларна ДНК, чијих 90% чине ланци > 20 kb. ДНК је изолована из
младих листова диплоидног варијетета кичице гајене in vitro, коришћењем четири
различита протокола: (1) Quick-DNA HMW MagBead Kit (Zymo Research, #D6060);
(2) модификовани ЦТАБ протокол;2 (3) протокол за изолацију бактеријске ДНК
прилагођен биљним ткивима и (4) измењен протокол за изолацију РНК из бора.3
Квалитет ДНК изолата је провераван спектрофотометријски Nano Drop апаратом,
обичном електрофорезом, пулсном електрофорезом и Фемто Пулсном анализом.
Протокол (1) даје веома ниске приносе, било кад се користи самостално или као
вид пречишћавања ДНК изоловане на други начин. Протоколом (3) се добија висок
принос ДНК незадовољавајућег квалитета. Најквалитетнију ДНК у количинама
довољним за секвенцирање су дали протоколи (2) и (4).",
publisher = "Belgrade: Serbian Biological Society",
journal = "Knjiga sažetaka: Treći Kongres biologa Srbije: Osnovna i primenjena istraživanja: Metodika nastave; 2022 Sep 21-25; Zlatibor, Serbia",
title = "Usavršavanje protokola za izolaciju DNK visoke molekularne mase iz kičice (Centaurium erythraea), Усавршавање протокола за изолацију ДНК високе молекуларне масе из кичице (Centaurium erythraea)",
pages = "295",
url = "https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_ibiss_6205"
}