Palindromi i potencijalne sekundarne strukture u transkriptima izoformi biljnih glutamin-sintetaza
Palindromes and potential secondary structures in transcripts of plant glutamine synthetase isoforms
2016
Тип документа:
Конференцијски прилог (Објављена верзија)
,
© 2015 Prirodno-matematički fakultet
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт:
Glutamin sintetaza (GS, E.C. 6.3.1.2) ima centralnu ulogu u metabolizmu azota jer asimiluje amonijak u glutamin. Biljke poseduju jednu hloroplastnu (GS2) i jednu ili više citosolnih (GS1) izoformi. Zea mays i Arabidopsis thaliana spadaju u vrste sa najvećim familijama GS gena, jer pored jedne GS2 imaju po pet GS1 izoformi. Regulacija ekspresije GS gena, kao i regulacija enzimske GS aktivnosti na posttranslacionom nivou mnogo je proučavana. Međutim, gotovo da i nema informacija o mogućnosti posttranskripcione regulacije na nivou GS transkripata. Mi smo pokazali da GS mRNK mogu da poprime stabilne sekundarne strukture ukosnice ili homo i heterodimera u regionu koji prethodi ili uključuje AUG kodon, što može uticati na efikasnost translacije i na stabilnost transkripata. Mogućnost formiranja ukosnica zasniva se na prisustvu palindroma sa razmacima, dok se dimeri mogu formirati ukoliko sekvence sadrže palindome bez razmaka. Svih šest transkripata GS kukuruza, kao i tri transkripta A. thaliana imaju po jedan palindrom od 6 nt bez razmaka, dok jedan transkript A. thaliana ima dva ovakva palindroma. Pored toga, GS1-3 kukuruza i GLN1;2 A. thaliana imaju po jedan perfektan palindrom od 8 nt sa razmakom. Kako bi se pokazao statistički značaj ovih nalaza, broj nađenih palindroma u GS transkriptima predstavljen je kao odnos broja nađenih i broja očekivanih palindroma svih dužina sa i bez razmaka u sekvencama datih dužina. Naša bioinformatička analiza sugeriše da GS transkripti poseduju strukturne elemente koji omogućavaju regulaciju na nivou mRNK i predstavlja dobru polaznu osnovu za eksperimentalne studije predložene posttranslacione regulacije.
Кључне речи:
glutamine synthetase; posttranscriptional regulation; RNA secondary structures; palindromesФинансирање / пројекти:
- Физиолошка, хемијска и молекуларна анализа диверзитета одабраних ретких и угрожених биљних врста у циљу еx ситу заштите и продукције биолошки активних једињења (RS-MESTD-Basic Research (BR or ON)-173024)
У:
- Kukavica Jovanović B, editor. III simpozijum biologa i ekologa Republike Srpske (SBERS, 2015): Zbornik radova; 2015 Nov 12-14; Banja Luka, Republika Srpska. Banja Luka: Prirodno-matematički fakultet; 2015. p. 29-40. (Skup; Vol. 7; No. 2).